在暑假的最后一天，哆啦A梦得到了“要去哪里，想做哆啦A梦生日SP：鲸与梦幻水管岛在线观看些有趣的事”的哆啦A梦，拿出了“吊带”和“手针”。为了让他们在南方的大海上找钱出门，两人找头的话，大雄的双手反应了。可是，不知为何，带着的是一块大堆的岩石。如果说不定是什么化石的话，就用《穿越时空》把时间包回去，出现的是很奇怪的设计的奥勒娜。大雄开始吹那个奥勒娜的时候，从披肩的水面上，竟然冒出了大鲸鱼！哆啦A梦在《小精灵》中把鲸鱼变小，取出了“宠物用的饵食”。大雄把饵料热闹起来吃的话，鲸鱼就会变成大雄，开始在空中游泳。之后，大雄被拉上的奥勒娜，发现了52赫兹的特殊声波。听到这句话的斯奈夫，一般的鲸鱼用15～20赫兹的声音对话，开始谈不到其他鲸鱼，在52赫兹叫“世界上孤独的鲸鱼”。这样的话，对这个奥勒娜反应的鲸鱼是世界上最孤独的鲸鱼。而且，这个奥勒娜竟然是7千年前制作的…。那么在很久以前，为什么会创造出那种特殊的奥勒娜呢？大雄和鲸鱼一起，在《时间机器》中，7千年前的大雄朝着钓上奥勒娜的南太平洋方向前进。于是，居然那里有7千年后的现代，而且有着人类居住的文明发达的岛屿！在岛上登陆的大雄们，从某个岛上认识到住在那个岛上的少年·皮特和少女·最后一人，彼得才知道是大雄手中的奥勒娜的主人。而且，鲸鱼称之为“哥尼”，是皮特的重要朋友。为什么哥尼是7千年后来的？为什么这个岛是这样的文明发达、为什么消失的呢？在哆啦A梦接近那个谜的时候，岛上最大的危机……！？与彼得齐心协力，面对危机的大雄们。果然，能战胜危机吗？？以南之岛为舞台，大雄们的大冒险开始了…！